Der Schwerpunkt des Kongressgeschehens lag zwischen dem 12. Mai und dem 31. August 1648 für die kaiserlichen Gesandten auf dem Abschluss der Friedensverhandlungen mit Schweden. Dabei standen die letzten umstrittenen Themenkomplexe - Regelung der Militärsatisfaktion, Amnestie in den kaiserlichen Erblanden sowie Friedensvollzug und Friedenssicherung - im Zentrum. Den Höhepunkt bildete die Vereinbarung des kaiserlich-schwedischen Vertrags am 6. August in Osnabrück. Den Kaiserlichen gelang es anschließend nicht, die Verhandlungen mit Frankreich unter Einbeziehung Spaniens in Münster fortzusetzen. Vielmehr nahmen die Reichsstände Mitte August die Verhandlungen mit Frankreich in Osnabrück auf.