Im Dschungel der mexikanischen Halbinsel Yucatán verschwindet ein amerikanisches Archäologenteam, das an der Erforschung einer neu entdeckten Ruinenstadt der Maya arbeitet. Begleitet von dem berühmten Archäologen Vladimir Rubicon, dessen Tochter die Ausgrabungen leitete, reisen Mulder und Scully nach Mexiko, um die Spur der Vermissten aufzunehmen. Sie sind jedoch nicht die einzigen, die sich für die Ruinen interessieren.