Die Zuteilung einer Professur für Philosophie an der Universität Erlangen hatte die Ausarbeitung von Vorlesungen für das Sommersemester 1805 zur Folge, von denen die >Institutiones omnis philosophiae< analog zu den Jenenser Vorlesungen über Logik und Metaphysik als Hinführung zur >Wissenschaftslehre< konzipiert sind. Von besonderem Interesse sind darin die Ausarbeitungen zur formalen und höheren (methodologischen) Logik. Für philosophisch Fortgeschrittene las Fichte >Wissenschaftslehre<; diese Ausarbeitung wollte er als die vierte und abschließende, vom Winter 1804 an zählend, verstanden wissen. In dieser >Wissenschaftslehre< stellt Fichte die Transzendentallehre Schritt für Schritt in Auseinandersetzung mit Schellings Position in >Philosophie und Religion< (1804) und als Überwindung der spekulativen Metaphysik dar.